孩子检查身高矮小，可根据具体症状和医院科室设置选择以下科室就诊：

1. 儿科内分泌科(首选科室)

若孩子身高明显低于同龄人，且伴随生长速度缓慢(如每年增长不足5厘米)、第二性征发育异常(如女孩8岁前乳房发育、男孩9岁前睾丸增大)或特殊面容(如额头突出、鼻梁低平)，需优先考虑儿科内分泌科。该科室专门诊治儿童内分泌疾病，可通过生长激素激发试验、骨龄检测、甲状腺功能检查等手段，明确是否存在生长激素缺乏、甲状腺功能减退、性早熟等内分泌问题，并制定针对性治疗方案。

2. 儿童保健科(初步筛查)

若孩子身高仅略低于正常范围，且无其他异常症状，可先挂儿童保健科。医生会测量身高、体重、头围，绘制生长曲线，评估营养状况(如是否挑食、偏食)、睡眠质量(如是否晚睡、睡眠不足)及运动习惯(如是否缺乏户外活动)，并给出生活指导建议。若评估发现严重发育迟缓，会进一步转诊至专科。

3. 骨科(骨骼发育异常)

若孩子身高矮小且存在骨骼发育异常，如骨龄明显落后或超前、骨骼畸形(如脊柱侧弯、O型腿)，或家族中有骨骼发育异常病史，需挂骨科。医生会通过X光检查评估骨骼发育情况，判断是否存在软骨发育不全、成骨不全等骨骼疾病。

4. 遗传代谢科(遗传因素相关)

若孩子身高矮小且伴有特殊面容、智力发育迟缓、听力或视力障碍，或家族中有遗传代谢病病史(如特纳综合征、黏多糖贮积症)，需挂遗传代谢科。医生会通过染色体检查、基因检测等手段，排查遗传因素导致的生长发育迟缓。